清光绪二十四年（1898年）春，周樟寿决定到南京去求学。

在清光绪年间，中国还是用科举考试取士用人，凡是有志上进的读书人必须熟读四书五经，刻苦练习做八股文准备应试，经过考试取得了秀才举人的头衔，便有了往上爬的阶梯。在人们的眼里，只有这一条路是“上进”的正路。樟寿读书很快，除了四书五经之外还读了其它经书，文章也已经达到“满篇”，一切应试准备早已完成。但是，他不能坐等应试。父亲去世以后，家境贫困没法坐守下去。做钱庄或当铺的伙计之类，他是不愿意干的。没有别的什么好办法，他决定外出进学堂念书去。

什么小学中学的，那时候还都没有。经维新变法之风一吹，绍兴也有了一所“中西学堂”，只是学一些英文、法文、算学之类，课程科目很少。此外，南京和杭州等处也有几所特殊的“书院”，讲授格致之类的所谓西学，樟寿倒是很感兴趣，但是需要很大一笔学费和食宿费。那时候，自从祖父入狱，父亲病故以后，周家已经败落，家境十分贫困，负担不起昂贵的学杂费。在天津、武昌、南京、福州等地有几所水师陆师学堂，都是免费的，学生不但不用交学费，每月还可以得到津贴（也叫赡银）。那时候，中国人有个说法是“好男不当兵，好铁不打钉”，因此投考军事学校的人很少。这种学校当然不能称为书院，而是叫做“学堂”。于是，樟寿想，外出求学，家里拿不出钱来，只好进公费水师陆师学堂，又考虑到路程的远近，便决定到南京去进水师学堂。

樟寿想进水师学堂，倒不是志愿去当海军军人，实在不过是为了可以免费读书罢了。再说，在南京，江南水师学堂里有一个本家叔祖，也好去投奔他。介浮公的潘姨太太的儿子、叔叔周伯升已在前一年考入了这所学堂。但是，进这样的“学堂”学洋务，是当时社会上走投无路的人才选择的，会被人家耻笑奚落的。儿子选择这条路，母亲鲁瑞自然是不乐意。母亲的心情是复杂的，不让儿子进“学堂”，又有什么办法呢？儿子选择这条路自有他的道理，于是便答应了。儿子要去学习，母亲几经周折筹集了八元钱给儿子作路费，樟寿从母亲手中接过这八元钱，不敢正视母亲，激动地扑在母亲的怀里，母亲止不住眼泪往下流。

清光绪二十四年（1898年）闰三月十一日，周樟寿告别了母亲，告别了故乡，从绍兴出发，经过杭州上海，于十七日到达南京。

江南水师学堂和陆师学堂都在南京城北。水师学堂距凤仪门不远，它那高高的桅杆，老远便可以望见。陆师学堂则在牌楼附近，从水师学堂到陆师学堂也不远。水师学堂和陆师学堂都是军事学校。

本家叔祖周椒生是江南水师学堂的轮机科舍监。周樟寿到南京后便投奔叔祖处，暂住在叔祖的后房。这位叔祖虽然以举人资格担任了监督的差使，思想却有点顽固守旧，觉得本家子弟进学堂“当兵”不太好，至少不宜拿出家谱上的本名来，因此就给周樟寿改名字。劝十年树木，百年树人”之意，便给樟寿取名为“树人”，号豫才仍然可以使用。从此，周树人这个名字便开始使用，并在日后传遍全中国和全世界。

随后，周樟寿便以周树人这个名字参加了考试。经过考试，作了一篇题为《武有七德论》的作文，周树人考取了江南水师学堂试读生。三个月后，周树人正式补进三班，进的是管轮班，即后来的轮机科。原来，水师学堂分为三阶段九年，初级班叫三班，中级班叫二班，高级班叫头班，每三年升一级。全部课程都用英语教授，需要九年才能学完毕业。升到了头班，那就是老资格学生了。

江南水师学堂始建于清光绪十六年（1890年），是清洋务派官僚创办的。那时候，英国是世界上最先进的国家，学堂成立后，聘请的教师多半都是英国人，因此全部课程都是用英语授课，主要课程